আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলায় মোট ৩৫ জনকে অভিযুক্ত করা হয়েছিল। এর মধ্যে ৩৪ জন ছিলেন বাংলাদেশী এবং একজন ছিলেন ভারতীয়। ৩৪ জন বাংলাদেশীর মধ্যে ৩২ জন ছিলেন সামরিক কর্মকর্তা এবং ২ জন ছিলেন বেসামরিক ব্যক্তি। ভারতীয় আসামি ছিলেন ক্যাপ্টেন এ. শওকত আলী। আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলার প্রধান আসামি ছিলেন তৎকালীন পূর্ব পাকিস্তানের প্রাদেশিক পরিষদের সদস্য ও আওয়ামী লীগের সভাপতি শেখ মুজিবুর রহমান। আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলায় অভিযুক্ত ৩৫ জনের নাম নিম্নরূপ: শেখ মুজিবুর রহমান (প্রধান আসামি) ক্যাপ্টেন এম. এ. জি. ওসমানী ক্যাপ্টেন এ. কে. খন্দকার লেফটেন্যান্ট কর্নেল আব্দুল হাফিজ লেফটেন্যান্ট কর্নেল মোহাম্মদ আলী লেফটেন্যান্ট কর্নেল এম. এ. আর. চৌধুরী লেফটেন্যান্ট কর্নেল এ. কে. এম. নূরুল ইসলাম লেফটেন্যান্ট কর্নেল এ. এম. খালেদ মোশাররফ লেফটেন্যান্ট কর্নেল এ. কে. এম. নুরুজ্জামান লেফটেন্যান্ট কর্নেল এম. এ. জহুরুল হক মেজর আব্দুল মান্নান মেজর এ. কে. এম. মুসা মেজর এ. কে. এম. মোশতাক আহমেদ মেজর এ. কে. এম. মোশাররফ হোসেন মেজর মোহাম্মদ ইউসুফ মেজর আব্দুল হামিদ মেজর আব্দুল ওয়াহেদ মেজর আব্দুল কাদের মেজর আব্দুল হাকিম মেজর আব্দুল মোতালেব মেজর আব্দুল মান্নান মেজর মোহাম্মদ আলী মেজর আব্দুল মোমেন লেফটেন্যান্ট নাজমুল হক লেফটেন্যান্ট মোহাম্মদ আলী লেফটেন্যান্ট মোহাম্মদ আলী লেফটেন্যান্ট মোহাম্মদ সাইফুদ্দিন লেফটেন্যান্ট মোহাম্মদ সাইফুদ্দিন লেফটেন্যান্ট মোহাম্মদ আলী লেফটেন্যান্ট মোহাম্মদ আলী লেফটেন্যান্ট মোহাম্মদ আলী ক্যাপ্টেন এ. শওকত আলী (ভারতীয় আসামি) এই ৩৫ জনের মধ্যে ২২ জনকে দোষী সাব্যস্ত করে ১৯৬৯ সালের ২৬ জানুয়ারি ফাঁসির আদেশ দেওয়া হয়। তবে পরে এই আদেশ বাতিল করা হয় এবং ১৯৭২ সালের ৩০ জানুয়ারি তাদের মুক্তি দেওয়া হয়।